Das Funktionsprinzip eines Gummistopfens beruht in erster Linie auf der Fähigkeit des elastischen Materials, sich nach einer Verformung zu erholen. Wenn der Stopfen in die Öffnung eines Flaschen- oder Behälterhalses gedrückt wird, erfährt das Material eine Druckverformung und schmiegt sich eng an die Innenwände an, wodurch eine nahtlose Abdichtung entsteht. Diese Dichtungswirkung hängt von der Flexibilität und der vernetzten Struktur der Molekülketten des Gummis ab und ermöglicht die Aufrechterhaltung eines stabilen Anpressdrucks trotz Druck- oder Temperaturschwankungen.
Zu den üblichen Dichtungsmechanismen gehören Presspassung und radiale Kompression; Eine Presspassung erzeugt eine Vorspannung, indem sie sicherstellt, dass der Außendurchmesser des Stopfens etwas größer ist als der Innendurchmesser der Öffnung, während eine radiale Kompression durch die strukturelle Ausdehnung des Stopfens selbst eine dauerhafte Abdichtung erreicht.